Час назад Кремль взлетел в воздух. Президент инициировал "Протокол фантом", приказав бывшему боссу Ханта доставить всю команду "Миссия невыполнима" в Вашингтон, где их официально обвинят в террористическом акте в российской столице. Понимая, что Итан Хант невиновен, шеф позволяет ему и его людям уйти, предупредив, что тех кого поймают ожидает непростая судьба. Ведь их заклеймят, как террористов, пытавшихся развязать глобальную ядерную войну.
С этого момента он и его команда начинают действовать, чтобы самостоятельно найти виновников взрывов и людей, которые их подставили. Но смогут ли они реализовать свой замысел и доказать свою непричастность, когда весь мир охотится за их головами?