Когда в Белом доме происходит диверсия и со всех телевизионных каналов раздается обращение Президента о том, что самое элитное подразделение США предало свою страну и по его приказу отряд «Джи-Ай Джо» ликвидирован, никто не подозревает, что нескольким агентам отряда все же удалось выжить. Сообразив, что с самого начала все это было настоящей подставой, они решают наказать предателей и очистить собственную честь.